Som Mads nævner er faktorernes orden ligegyldig mht hvor du includer noget i httpd.conf.
En virtualhost entry ser således ud hos mig:
<VirtualHost *>
ServerAdmin
webmaster@domain.com ServerName
www.domain.com DocumentRoot /var/www/html/domain
ServerAlias domain.com *.domain.com
ErrorLog /var/www/html/domain/error_log
CustomLog /var/www/html/domain/custom_log combined
</VirtualHost>
Jeg er i øvrigt ved at flytte logfilerne andetsteds hen, da de generer min backup'ing.

Hvor du har den fil du includer er også ligegyldigt - bare du angiver den rette sti i httpd.conf - eller httpd2.conf, som den hedder i version 2.0.nn af Apache. Jeg har meget passende lagt den ned i /vhosts folderen - i min Mandrake nærmere betegnet /etc/httpd/conf/vhosts
Mvh